米花町的午后，阳光透过玻璃窗洒在帝丹高中的教室里，空气中弥漫着一种令人昏昏欲睡的静谧。工藤新一正百无聊赖地转着手中的自动铅笔，目光却并未落在黑板上，而是死死盯着窗外那棵巨大的樱花树。虽然他的身体缩小成了江户川柯南的模样，但那股属于名侦探的敏锐直觉却从未消失，反而因为肉体的弱小而变得更加敏锐和焦灼。今天是个特殊的日子，不仅仅是因为那对冤家情侣毛利兰和铃木园子正在后排窃窃私语，更因为那个总是阴魂不散的黑衣组织，似乎又有了新的动静。
就在半小时前，柯南在阿笠博士家的车库里收到了一条匿名短信，发件人是一个陌生的号码，内容只有一句话：“617号仓库，今晚十点，货到了。”短信发送后便石沉大海，但柯南瞬间便意识到了其中的不对劲。617，这个数字对他来说有着特殊的含义，那是他第一次以柯南的身份面对朗姆时，那个神秘男人留下的编号之一。更重要的是，他刚刚在阿笠博士家的书架上，发现了一本被翻得卷边的旧杂志，封面上赫然印着“名侦探柯南617期”的字样，而在那期杂志的夹页中，藏着一张泛黄的地图，地图的终点指向了米花町边缘废弃的工业区。
放学铃声响起，柯南借口要去做实验，匆匆告别了少年侦探团的伙伴们。灰原哀坐在窗边，冷冷地瞥了他一眼，那双深邃的眼眸中闪过一丝担忧。“别去，”她用只有两个人能听到的声音说道，“那种感觉，像是陷阱。”柯南停下脚步，回头看向她，嘴角勾起一抹自信的弧度：“如果是陷阱，那就让陷阱变得更有价值。灰原，这次的情况不同，对方似乎知道我们在找什么。”灰原沉默了片刻，最终从口袋里掏出一个微型追踪器，塞进柯南的口袋：“带上这个。如果十分钟内没有信号，我会启动自毁程序，顺便把那个仓库夷为平地。”
夜幕降临，米花町的霓虹灯开始闪烁，将城市的轮廓勾勒得光怪陆离。柯南换上了一身黑色的运动服，戴着变声器，悄然潜入了废弃工业区。这里荒草丛生，废弃的厂房像一个个巨大的怪物，在月光下投下狰狞的阴影。他按照地图的指引，来到了617号仓库前。仓库的大门紧闭，上面锈迹斑斑，但在门缝处，却透出一丝微弱的光芒。柯南放轻脚步，绕到仓库侧面，发现窗户并没有完全关上。他小心翼翼地撬开窗户，像一只黑色的猫一样滑进了仓库内部。
仓库内昏暗潮湿，空气中弥漫着一股铁锈和机油混合的味道。在仓库的中央，停放着一辆黑色的厢式货车，车旁站着两个身穿西装的男人，他们正在低声交谈。柯南躲在堆积如山的木箱后面，打开微型望远镜观察着情况。那两个男人并没有携带武器，而是抱着几个黑色的手提箱。突然，其中一人按响了耳麦，说道：“货物已经移交，对方要求当面确认‘617’的完整性。”柯南心中一凛，“617”的完整性？这意味着这不仅仅是一次普通的交易，背后一定隐藏着更大的秘密。
就在两人准备离开时，仓库的灯光突然全部熄灭。黑暗中，柯南迅速打开了夜视眼镜，清晰地看到了两人的身影。然而，还没等他采取行动，一道强烈的白光从仓库顶部射下，紧接着是一个冰冷的声音响起：“你们以为，我真的会出现在这里吗？”柯南抬头望去，只见仓库的天窗上，站着一个熟悉的身影——怪盗基德。基德白色的披风在夜风中猎猎作响，他优雅地鞠了一躬，然后从空中飘落，手中把玩着一张扑克牌。“这次的目标，是那个被称为‘617’的秘密，”基德的声音中带着一丝戏谑，“而你们，不过是送快递的仆人罢了。”
两个黑衣人显然没有料到会冒出基德，瞬间拔出了手枪。子弹在黑暗中呼啸而过，柯南则趁机从木箱后冲出，利用滑板在地面上滑行，巧妙地避开了子弹，同时扔出了麻醉针。针头准确地命中了其中一人的手臂，那人惨叫一声，手枪掉落。另一人见状，慌乱地向基德射击，但基德轻松地利用滑翔翼躲避，并将扑克牌飞掷出去，精准地击中了那人手中的枪管，导致枪支走火，炸断了他的手指。
混乱中，柯南冲上前去，解除了其中一人身上的麻醉效果，并用变声器说道：“把箱子打开。”黑衣人颤抖着打开了手提箱，里面并非柯南预想中的毒药或武器，而是一本破旧的笔记本，封面上写着“617号实验记录”。柯南翻开笔记本，瞳孔猛地收缩。上面记录的，竟然是一些关于APTX4869的早期实验数据，而其中一组的实验对象，正是他——工藤新一。
“看来，你找到了你想找的东西。”一个低沉的声音从阴影中传来。柯南猛地回头，只见一个戴着白色面具的男人缓缓走出，他的手中拿着一把精致的手枪，枪口直指柯南的额头。柯南握紧了口袋里的足球腰带，心中快速计算着逃脱的可能性。面具男人冷笑一声：“你以为，你能活着离开这里吗？”柯南深吸一口气，嘴角上扬，露出了那抹标志性的自信笑容：“只要我还活着，真相就永远不会被掩埋。而且，你似乎忽略了一个事实——”柯南指了指基德的方向，“他可不喜欢别人打扰他的演出。”
基德在空中打了个转，无数张扑克牌如雨点般射向面具男人，趁其躲避之际，柯南启动了足球腰带，一脚将身边的铁桶踢向面具男人，同时拉起地上的手提箱，向仓库出口狂奔而去。身后，枪声大作，但柯南的身影已经消失在夜色之中。他知道，这场关于“617”的谜团，才刚刚开始。而在那本笔记本的背后，隐藏着足以颠覆整个组织的秘密，以及他变回原状的真正希望。风在耳边呼啸，柯南的心中燃起了新的火焰，他必须赶在黑衣组织之前，揭开所有的真相。